Sembra che ci sia problemi, giustamente, se si utilizza il CodeFile con ASP.NET 2.0 in un ambiente dove il trust è stato abbassato su medium.

Potremmo disquisire per ore sul perchè questo, alla fine, non serve praticamente a nulla per la sicurezza (basta scrivere un q.sa di unmanaged per usare i privilegi del processo e non quelli derivanti da CAS...), ma fatto sta che in questi giorni un po' di persone mi hanno portato l'orecchio questo problema.

Detto ciò, la soluzione è la seguente. Installarsi Web Application Projects. Riporterà il modello del CodeBehind, con conseguente compilazione dell'assembly in un solo file. Poi utilizzare l'attributo AllowPartiallyTrustedCallers:

Fatto questo, è sufficiente compilare tutto in un solo assembly e fare il deployment di quest'ultimo.

In alternativa, c'è anche la voce "Publish" sotto il menu "Build" che potrebbe fare al caso vostro, magari con Web Deploymnet Projects per compilare tutto (anche file sotto /App_Code/) in un solo assembly, anzichè farlo fare ad ASP.NET.