La domanda è stata fatta anche oggi sul forum ASP.NET 2.0, quindi si aggiunge a quelle che già mi sono arrivate via mail e sfonda la fatidica soglia che fa sì che anzichè riscrivere ogni volta la risposta, io mi crei un puntatore da girare all'uopo :)

Ecco la risposta: bisogna creare una nuova definizione per il browser, che contenga questo codice:

<browsers>
  <browser id="W3C_Validator" parentID="default">
    <identification>
        <userAgent match="^W3C_Validator" />
    </identification>
    <capabilities>
      <capability name="browser" value="W3C Validator" />
      <capability name="ecmaScriptVersion" value="1.2" />
      <capability name="javascript" value="true" />
      <capability name="supportsCss" value="true" />
      <capability name="tables" value="true" />
      <capability name="w3cdomversion" value="1.0" />
      <capability name="tagWriter" value="System.Web.UI.HtmlTextWriter" />
    </capabilities>
  </browser>
</browsers>

Una volta fatto verrà usato HtmlTextWriter e non Html32TextWriter, che è quello di default che invia codice HTML. Altre news sul fronte XHTML/ASP.NET a breve, intanto vi basti questo per testarne la validità (anche se in realtà FireFox con la dev toolbar ha la possibilità di fare il submit del codice XHTML locale, cosa molto comoda mentre si sviluppa in locale).